Thông tư số 123/2012/TT-BTC ngày 27/7/2012 Hướng dẫn thi hành một số điềucủa Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp, Quyết định 15/2006/ QĐ – BTCngày 20tháng 03năm 2006về việc ban hành Chế độ Kế toán doanh nghiệp và Quyết định 48/2006/QĐ – BTCngày 14tháng 09năm 2006về việc ban hành Chế độ Kế toán Doanh nghiệp nhỏ và vừa của Bộ Tài chính ban hành có một số bất cập trong việc ghi nhận doanh thu, thu nhập như sau:

Tại điều 7, khoản 1 của thông tư 123/2012/TT - BTC:

(1). Thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng chứng khoán theo hướng dẫn tại Chương IV cụ thể:

-Thu nhập từ chuyển nhượng vốn của doanh nghiệp là thu nhập có được từ chuyển nhượng một phần hoặc toàn bộ số vốn của doanh nghiệp đã đầu tư cho một hoặc nhiều tổ chức, cá nhân khác ( bao gồm cả trường hợp bán toàn bộ doanh nghiệp). Thời điểm chuyển nhượng vốn là thời điểm chuyển quyền sở hữu vốn.

Trường hợp doanh nghiệp có chuyển nhượng vốn không nhận bằng tiền mà nhận bằng tài sản, lợi ích vật chất khác (cổ phiếu, chứng chỉ quỹ...) có phát sinh thu nhập thì phải chịu thuế thu nhập doanh nghiệp. Giá trị tài sản, cổ phiếu, chứng chỉ quỹ…được xác định theo giá bán của sản phẩm trên thị trường tại thời điểm nhận tài sản.

- Thu nhập từ chuyển nhượng chứng khoán của doanh nghiệp là thu nhập có được từ việc chuyển nhượng cổ phiếu, trái phiếu, chứng chỉ quỹ và các loại chứng khoán khác theo quy định.

Trường hợp Công ty cổ phần tiến hành chia, tách, hợp nhất, sáp nhập mà thực hiện hoán đổi cổ phiếu tại thời điểm chia, tách, hợp nhất, sáp nhập nếu phát sinh thu nhập thì phần thu nhập này phải chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

Trường hợp doanh nghiệp có chuyển nhượng chứng khoán không nhận bằng tiền mà nhận bằng tài sản, lợi ích vật chất khác (cổ phiếu, chứng chỉ quỹ...) có phát sinh thu nhập thì phải chịu thuế thu nhập doanh nghiệp. Giá trị tài sản, cổ phiếu, chứng chỉ quỹ…được xác định theo giá bán của sản phẩm trên thị trường tại thời điểm nhận tài sản.

          Tại điều 7, khoản 6, khoản 7, khoản 8 của thông tư 123/2012/TT - BTC:

“(6) Thu nhập từ lãi tiền gửi, lãi cho vay vốn, phí bảo lãnh tín dụng và các khoản phí khác trong hợp đồng cho vay vốn.

- Trường hợp khoản thu từ lãi tiền gửi, lãi cho vay vốn phát sinh cao hơn các khoản chi trả lãi tiền vay theo quy định, sau khi bù trừ phần chênh lệch còn lại tính vào thu nhập khác khi xác định thu nhập chịu thuế.

- Trường hợp khoản thu từ lãi tiền gửi, lãi cho vay vốn phát sinh thấp hơn các khoản chi trả lãi tiền vay theo quy định, sau khi bù trừ phần chênh lệch còn lại giảm trừ vào thu nhập  sản xuất kinh doanh chính khi xác định thu nhập chịu thuế.

(7) Thu nhập từ hoạt động bán ngoại tệ: bằng tổng số tiền thu từ bán ngoại tệ trừ (-) tổng giá mua của số lượng ngoại tệ bán ra.

(8)Thu nhập từ chênh lệch tỷ giá, được xác định cụ thể như sau:

Trong năm tính thuế doanh nghiệp có chênh lệch tỷ giá phát sinh trong kỳ và chênh lệch tỷ giá do đánh giá lại các khoản nợ phải trả có gốc ngoại tệ cuối năm tài chính, thì:

- Khoản chênh lệch tỷ giá phát sinh trong kỳ liên quan trực tiếp đến doanh thu, chi phí của hoạt động sản xuất kinh doanh chính của doanh nghiệp được tính vào chi phí hoặc thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh chính của doanh nghiệp. Khoản chênh lệch tỷ giá phát sinh trong kỳ không liên quan trực tiếp đến doanh thu, chi phí của hoạt động sản xuất kinh doanh chính của doanh nghiệp, nếu phát sinh lỗ chênh lệch tỷ giá tính vào chi phí sản xuất kinh doanh chính, nếu phát sinh lãi chênh lệch tỷ giá tính vào thu nhập khác.

- Lãi chênh lệch tỷ giá do đánh giá lại các khoản nợ phải trả bằng ngoại tệ cuối năm tài chính được bù trừ với lỗ chênh lệch tỷ giá do đánh giá lại các khoản  nợ phải trả bằng ngoại tệ cuối năm tài chính. Sau khi bù trừ nếu còn lãi chênh lệch tỷ giá thì tính vào thu nhập khác, nếu lỗ chênh lệch tỷ giá thì tính vào chi phí sản xuất kinh doanh chính khi xác định thu nhập chịu thuế.

Các khoản chênh lệch tỷ giá nêu trên không bao gồmchênh lệch tỷ giá hối đoái do đánh giá lại số dư cuối năm là: tiền mặt, tiền gửi, tiền đang chuyển, các khoản nợ phải thu có gốc ngoại tệ.”

Nhưng trong QĐ 15/2006/QĐ-BTC và QĐ 48/2006/QĐ- BTC thì các khoản thu nhập này lại được coi là doanh thu tài chính, dẫn đến trong báo cáo kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh  doanh thu hoạt động tài chính được trình bày ở mục 6, mã số 21, thuyết minh VI 26 để xác định lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh mục 6, mã số 30. Còn thu nhập khác lại được trình bày ở mục 11, mã số 31, để xác định lợi nhuận khác ở mục 13, mã số 40.